（1）光路不同：原子吸收光源、原子化器和檢測器在一條光路上；原子熒光為垂直光路。

（2）原理不同：原子吸收利用原子的特征吸收光譜；原子熒光則利用原子的激發-躍遷光譜（熒光）。原子熒光的特長是測量As，Se，Hg等一些過度元素和特殊的金屬元素。原子熒光和原子吸收在實驗室里沒有ICPMS的情況下作為互補，可以測量大部分金屬元素和過度元素。具體誰更有*性，檢測限更低要根據具體的元素來定。

（3）靈敏度不同：對于原子吸收，增加光源強度同時會增加背景吸收，而原子熒光信號強度與激發光源強度成正比，故靈敏度可以大大提高。